笔者按：剑桥大学昨天发表论文，新冠病毒分ABC三种变异类型，B由A演变，C由B演变。A类集中出现在美国和澳洲，出现于武汉的病毒属于B类，欧洲爆发的主要是C类。这篇论文发表于美国科学院院刊。本人亲自翻译全文，转载请一定标明湖北经济学院戴剑翻译。
英文网站如下，可以点击查看原文。
原文地址:https://www.cam.ac.uk/research/news/covid-19-genetic-network-analysis-provides-snapshot-of-pandemic-origins
论文发表在PNAS （美国科学院院刊），论文链接：https://www.pnas.org/content/early/2020/04/07/2004999117
一项研究绘制了COVID-19“初期超新星”的图表，它通过基因突变从中国和亚洲扩散到澳大利亚，欧洲和北美。 研究人员说，他们的方法可以用来帮助识别未记录的感染源。
来自英国剑桥和德国的研究人员利用基因网络技术，重建了COVID-19在人类体内的早期“进化路径”--当感染从武汉蔓延到欧洲和北美时。
通过分析第一批160个来自人类患者的完整病毒基因组，科学家们绘制出了新冠状病毒通过变异传播的一些原始图谱，这些变异产生了不同的病毒谱系。
来自剑桥大学的遗传学家彼得·福斯特博士说：“快速突变太多了，无法精确追踪COVID-19家族树。 我们使用数学网络算法同时可视化了所有可能的树”。
“这些技术主要是通过DNA绘制史前人类种群的移动图而为人所知。 我们认为这是首次利用它们来追踪像COVID-19这样的冠状病毒的感染途径之一。”
该团队使用了2019年12月24日至2020年3月4日期间从世界各地采集的病毒基因组数据。 研究揭示了COVID-19的三个不同的“变体”，由一系列密切相关的谱系组成，他们将这些谱系命名为“A”，“B”和“C”。
福斯特和他的同事们发现，在武汉发现了与蝙蝠中发现的“A”型病毒（即“人类原始病毒基因组”）最接近的COVID-19型病毒，但令人惊讶的是，这并不是武汉的主要病毒类型。
据报道，居住在武汉的美国人身上发现了变异的“A”型病毒，在来自美国和澳大利亚的患者身上也发现了大量的A型病毒。
武汉的主要病毒类型“ B”在东亚各地的患者中普遍存在。然而，研究人员说，该变异体在没有进一步突变的情况下并没有传播到该地区以外的地区--这意味着武汉发生了“创始人事件”，或者说东亚以外对这类COVID-19的“抵抗”。
欧洲主要的类型是变异C，在来自法国，意大利，瑞典和英国的早期患者中发现。 该研究的中国大陆样本中没有发现这种现象，但在新加坡，香港和韩国却发现了这种现象。
新的分析还表明，病毒最早传入意大利的一个途径是1月27号首次记录在案的德国感染者，而意大利的另一个早期感染途径则与“新加坡群体”有关。
重要的是，研究人员说，他们的基因网络技术精确地追踪了既定的感染途径:突变和病毒谱系构建起已知病例之间的关系。
因此，科学家们认为，这些“系统发生”方法可以应用于最新的冠状病毒基因组测序，以帮助预测未来全球疾病传播和激增的热点。
剑桥大学麦克唐纳考古研究所研究员福斯特说:“系统发育网络分析有可能帮助识别未记录的COVID-19感染源，然后对这些感染源进行隔离，以遏制疾病在全球范围内的进一步传播。”福斯特是剑桥大学麦克唐纳考古研究所研究员，同时也是该大学继续教育研究所的研究员。
这项发现今天发表在《美国国家科学院院刊》(PNAS)上。 研究中使用的软件，以及1000多个冠状病毒基因组的分类和计数，可在www.fluxus-technology.com上免费获得。
类型'A'与蝙蝠和穿山甲中发现的病毒关系最为密切，被研究人员描述为“疫情爆发的根源”。 类型“B”由“A”派生，然后“C”是由“B”的派生来的。
研究人员表示，“B”变异体在东亚的本地化可能源于“始创效应”:当一种新型病毒起源于小众的孤立的感染群体时，就会出现一种遗传瓶颈效应。
福斯特说，还有另一种解释值得考虑。武汉B型病毒可能适应于大部分东亚人口， 它可能需要变异来战胜东亚以外的地区人本身的“抗性”。在初始阶段，我们似乎看到B型病毒在东亚地区的突变率比其他地区要慢。
他补充说:“在COVID-19的进化路径被大量突变所掩盖之前，我们所详述的病毒网络是流行病早期阶段的一个快照。
自从今天的PNAS研究进行以来，研究小组已经将其分析扩展到了1,001个病毒基因组。 福斯特说，虽然还有待同行审查，但最新的研究表明，首次感染和人类之间的COVID-19传播发生在9月中旬至12月初。
研究人员使用的系统发育网络方法是1979年在新西兰首创的——允许在一张简单的图表中同时可视化数百棵进化树，然后在20世纪90年代由德国数学家发展起来的。
1998年，这些技术引起了考古学家科林·伦弗洛教授的注意，他是PNAS新研究的合著者。 Renfrew接着在剑桥大学建立了世界上最早的考古学研究小组之一。
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